Что ответил саппорт:
"От кого: [16899] (C_arter) Evgeny Petrichenko
Добрый день,
Значение цены с учётом скидки не хранится в базе, её нужно вычислять.
Т.е. получить цену, как Dы это сделали, затем получить скидки для этого товара и подсчитать цену с учётом скидки.
Можно воспользоваться методом CCatalogDiscount::GetDiscountByProduct():
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/catalog/classes/ccatalogdiscount/ccatalogdiscount.getdiscountbyproduct.php"
там массив разберёшься!