Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
Понял в чём была проблема - у файлов залитых через ssh был пользователь не apache, поэтому битриксу (работающему под пользователем из группы apache) не хватало прав.
Странно что не сработало исключение.