Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
Если в папке /bitrix/templates/шаблон/components/bitrix или в /bitrix/templates/.default/components/bitrix есть папка catalog.section/prices, то шаблон будет применятсья из нее, несмотря на наличие такого шаблона в папке самого компонента (/bitrix/components/bitrix/catalog.section/templates).
И не забывайте после изменений вычищать кеш.
У вас шаблон сайта называется тоже "prices", как шаблон компонента? Тогда попробуйте
/bitrix/templates/prices/components/bitrix/catalog.section/prices/template.php
Если шаблон сайта не "prices", тогда например
/bitrix/templates/.default/components/bitrix/catalog.section/prices/template.php
Хм, ну даже не знаю что думать. Если вы редактируете через браузер, проверьте, есть ли права на изменение файлов у битрикса (апача). Возможно еще, файл редактируется не на том сервере, на котором смотрится :)
Попробуйте отследить через <?echo (__FILE__);?>, что же происходит и где что подключается. На время тестов отключите кеш.