Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
Должен быть доступен. Возможно, путь к файлу нужно указать полностью. Например, $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . "/bitrix/templates/шаблон/popup.menu_include.php". Или же через GetFileRecursive();
Если действительно по каким-то причинам недоступен объект $APPLICATION, то его можно объявить как глобальный в этом месте:
global $APPLICATION;
- тогда точно будет доступен.