Question

CIBlockElement::SetPropertyValues(ID,IBLOCK_ID,Array("ACTIVE"=>"N"));

ЧЯДНТ?

или быть может есть кошерный способ вырубить, типа $item->Deactivation();

Answer 1

Код
<? $el = new CIBlockElement; $arLoadProductArray = Array("ACTIVE" => "N"); $PRODUCT_ID = 2;  // изменяем элемент с кодом (ID) 2 $res = $el->Update($PRODUCT_ID, $arLoadProductArray); ?>

Answer 2

Рамиль Миннигалиев, научитесь пользоваться документацией.
Активность - это не свойство, а поле элемента. Выше дан пример кода.