Добрый день!
Чаще всего такие вирусы появляются, если сохранять FTP / SSH пароли в программах. Лучше всего сразу поменяйте все админские пароли.
А ещё можно попробовать включить веб-антивирус, как раз для этого он и предназначен - /bitrix/admin/security_antivirus.php?lang=ru
А ещё - внимательно почитайте грамотного Битрикс-специалиста!