Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
Штатно это не поддерживается, и вот почему - на скидку могут влиять всякие разные условия, которые высчитываются каждый раз при обращении к товару (сбросе кеша). А умный фильтр срабатывает как сложный SQL запрос к БД.
Так что (если скидки у вас простые) единственным вариантом видится заведение отдельного числового свойства для товара, и автоматический пересчёт в него цены со скидкой.