Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
Тут небольшая путаница в понятиях. Каталог - это магазинная структура, она содержит информацию о ценах, весах, налогах и остатках. А вот структура разделов - это часть модуля инфоблоков, работать с ней можно по этому АПИ - http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/update.php
Связь по ID товара, в инфблоке это ID элемента, в каталоге это PRODUCT_ID.