Question

Есть Битрикс малый бизнес лицензия. Выгружаем файлы руками import.xml и offers.xml если ставим галку генерировать ЧПУ из названия, то при выгрузке создаются дубли товаров,  поэтому ссылки на товары у нас вида 64459_1546_64125/6407964459_1546_64125_64079/

Answer 1

Галочка "Если код задан, то проверять на уникальность." стоит в настройках инфоблока?

Если ЧПУ из названия, а названия одинаковые.. то результат будет тот, что вы имеете. Если есть какие-то дополнительные свойства, отличающие товары, то можно написать свой обработчик, который при добавлении элемента будет делать более интересный ЧПУ адрес, подмешивая значения свойств. Типа:

zhenskaya_kofta_sinaja_razmer42