Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
1.Если у Вас стоит галочка на товаре то выгрузка будет счетать, что номенклатура, всегда новая и будет ее выгружать.
2. Посмотрите список изминений после выгрузки у вас должно уменьшаться кол-во зарегистрированных изменений справочника номенклатура (в идеале 0, но может быть не ноль, все зависит от ваших настроек выгрузки).
Кстати кол-во не будет меняться если вы будете только выгружать в файл без передачи в битрикс и без получения ответа от него. 1С будет все время счетать что сеанс не состоялся и сайт данные не поучил.