Где-то в районе 785 строки файла /bitrix/modules/catalog/load/yandex_run.php есть такой код:
$strTmpOff.= "<price>".$minPrice."</price>\n";
Вот где-то рядом и прописать условие и код для local_delivery_cost.
Обратите внимание, если я правильно помню, в xml для яндекса важен порядок следования xml тегов, так что local_deivery_cost нужно в правильное место вставить.