Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
1. " галочки добавить меню " - только при создании папок, не инфоблоков. Собственно, в самой папке этот пункт меню и сохраняется - в скрытом файле .section.php (если моя память мне не изменяет).
2. Разделы инфоблока без дополнительного php кода (обычно лежащего в .menu_left.menu_ext.php в меню не попадают.
3. Меню сильно кешируется - ваша проблема может в этом и состоять. Очистка кеша - bitrix/admin/cache.php?lang=ru