Свойство привязано к конкретному элементу инфоблока, в любом случае у другого элемента инфоблока файл должен быть другой (даже если загружался и сохранялся один оригинал, ID файлов в разных элементах должно быть разное).
Удаляем, если свойство файл - не множественное:
CModule::IncludeModule('iblock');
$IB = 24;
$ID = 220304;
$CODE = 'ONE_FL';
if ($arProp = CIBlockElement::GetProperty($IB, $ID, 'ID', 'DESC', array('CODE' => $CODE))->fetch()) {
$XXX = $arProp['PROPERTY_VALUE_ID'];
CIBlockElement::SetPropertyValueCode($ID, $CODE, array($XXX => array('del' => 'Y')));
}
Если множественное - то примерно так:
CModule::IncludeModule('iblock');
$IB = 24;
$ID = 220304;
$CODE = 'ONE_FL';
while ($arProp = CIBlockElement::GetProperty($IB, $ID, 'ID', 'DESC', array('CODE' => $CODE))->fetch()) {
$XXX = $arProp['PROPERTY_VALUE_ID'];
// if ... // может не надо удалять этот файл?
CIBlockElement::SetPropertyValueCode($ID, $CODE, array($XXX => array('del' => 'Y')));
}