Добро пожаловать на сайт <БагБД>, где вы можете задавать вопросы о программировании и разработке на Битрикс и Битрикс24, и получать быстрые и квалифицированные ответы от профессионалов!
В данном случае речь не о приоритете, а об очерёдности выполнения кода (ну и некорректности работы стороннего решения). Шаблон о заказе отправляется из компонента sale.order.ajax, и вам придётся его отключить (удалить, деактивировать), и самостоятельно формировать отправку уведомления о заказе после отработки "стороннего решения" (если оно поддерживает события - хорошо, если нет - потребуется изрядная сообразительность от программиста для решения задачи).